Von November 1986 bis Ende 1992 war Johannes Michael Beglinger im Kanton Zug als Gerichtsschreiber tätig. Ab 1993 wirkte er als ordentlicher Kantonsrichter.Von 2004 bis 2012 amtete er als Vizepräsident des Kantonsgerichts.
Als Gerichtsschreiber umfasste seine Tätigkeit die verfahrensbezogene juristische Arbeit im Hintergrund des Spruchkörpers: Aufarbeitung des Sachverhalts und der Akten, rechtliche Abklärungen, Vorbereitung der Beratung sowie die Redaktion von Entscheidentwürfen und Beschluss-/Urteiltexten. Der Schwerpunkt lag auf präziser Subsumtion, sprachlich klarer Entscheidredaktion und effizienter Verfahrensunterstützung.
Als Kantonsrichter umfasste seine richterliche Tätigkeit die Leitung und Beurteilung zivilrechtlicher Verfahren sowie die Abfassung begründeter Entscheide. Im Vordergrund standen sorgfältige Sachverhaltsfeststellung, präzise Subsumtion sowie eine speditive, sprachlich klare Entscheidredaktion. Fachliche Schwerpunkte lagen – je nach Zuständigkeit – insbesondere im Arbeitsrecht, Haftpflichtrecht, Handelsrecht, Wettbewerbsrecht, Immaterialgüterrecht sowie im Persönlichkeitsschutz. Von 2004 bis 2012 nahm er als Vizepräsident des Kantonsgerichts zusätzliche Leitungs- und Koordinationsaufgaben wahr; neben der Spruchtätigkeit umfassten die Funktionen damit auch Aufgaben der Selbstverwaltung, Koordination und Qualitätssicherung.
Eine Auswahl eigener Fachbeiträge ist unter „Publikationen“ dokumentiert; amtliche Bestätigungen und Beurteilungen finden sich – soweit publizierbar – unter „Dokumente“.